Ayant toujours préféré rester à l’écart de ses camarades, Yukiteru Amano (Yuki), est un collégien qui se décrit comme étant un observateur. Il a même pris l’habitude de consigner tout ce qu’il voit dans son téléphone portable, en quelque sorte son journal intime. Il s’est également inventé un monde bien à lui, et c’est dans cet univers imaginaire qu’il a ses seuls amis : Deux Ex Machina, le dieu du Temps et de l’Espace, et Murmur, sa facétieuse servante. Mais un jour, Deus lui annonce qu’il prépare un « jeu » intéressant… Et voilà Yuki entraîné dans une cauchemardesque « course contre la mort » où chacun des participants peut voir écrit l’avenir dans son portable et doit éliminer les autres pour obtenir la place de Deus…

La historia toma lugar entre el 16 y el 24 de diciembre, un mes después del festival cultural. Acercándose las vacaciones de invierno, la Brigada SOS, liderada por Haruhi Suzumiya, planea hacer una fiesta de nabe para Navidad. Sin embargo, el 18 de diciembre, Kyon llega al instituto para descubrir que todo ha cambiado. Haruhi y Itsuki Koizumi han desaparecido, Yuki Nagato es una estudiante normal con sentimientos, Ryoko Asakura, quién había sido eliminada por Yuki, también es una estudiante normal y Mikuru Asahina no le reconoce. La única pista que tiene es un marcapáginas que le dejó Yuki, que lleva a Kyon en un viaje a través del tiempo relacionado con la historia del episodio «Rapsodia de una Hoja de Bambú», intentando resolver el misterio y restaurar su línea temporal.

Han pasado seis meses desde los acontecimientos de la película anterior. El destino ha regresado a la ciudad de Uminari con Lindy como su tutor legal y está viviendo la vida de una niña normal de primaria junto con Nanoha y sus amigos. Sin embargo, la reunión entre los dos nuevos amigos se interrumpe cuando son atacados por cuatro antiguos usuarios de magia que se identifican como Wolkenritter. A medida que los motivos detrás de las acciones de Wolkenritter se vuelven claros, Nanoha y Fate se encuentran en una carrera contra el tiempo para detener la reactivación de un artefacto altamente peligroso conocido como El Libro de la Oscuridad.

La planète Eltria se meurt. Un couple de chercheurs persiste cependant à y vivre en compagnie de leurs deux filles, Amitie et Kirie, convaincus qu'ils trouveront un remède pour sauver leur monde. Cependant, le père des deux jeunes filles finit par tomber malade, mettant ainsi fin à leur rêve. Kirie et son amie d’enfance se rendent alors dans un monde alternatif pour quérir de l’aide. Une fois parvenues au Japon, à notre époque, elles font une découverte qui pourrait garantir la sauvegarde d’Eltria.

Negi Springfield, jeune magicien de 10 ans venant tout droit du Royaume-Uni, se retrouve propulsé au poste de professeur d'anglais dans une classe de 31 jeunes demoiselles. Après de nombreuses aventures avec ses jeunes élèves et couronnées par la triomphe du bien contre le mal (voir la série ou lire le manga), Negi doit face à un nouveau défi. En effet, les jeunes demoiselles vont être diplômées le lendemain même et il doit choisir une seule et unique partenaire pour devenir Magi magister. Son choix aura pour effet d'effacer complètement l'existence de la magie et du monde magique de la mémoire des 29 élèves restantes. Ceci provoque une série de tentatives de ces demoiselles de s'emparer du cœur de Negi et rester ainsi sa partenaire. Le soir même, Negi ainsi que ses élèves doivent face face à un nouveau danger qui menace les deux mondes !

Primera película de la serie Mahou Shoujo Lyrical Nanoha. La trama es una historia paralela a como Fate y Nano-chan se conocieron y tendrá un que otro cambio principalmente en el diseño de los personajes y la voz de Bardiche (el arma que usa Fate) ahora dándole una voz femenina.